Trois espaces de culte occupent la même empreinte romaine sur la Via Labicana, empilés sur douze siècles d'usage sacré continu. La basilique actuelle date de 1108, construite directement au-dessus d'une basilique du IVe siècle, qui repose elle-même sur une maison romaine et un temple mithraïque du Ier siècle. Les fouilles commencées en 1857 par le père Joseph Mullooly ont révélé la séquence stratigraphique complète intacte — une rareté archéologique dans une ville où les constructeurs médiévaux cannibalisaient généralement les structures antérieures pour récupérer les matériaux. L'église supérieure du XIIe siècle conserve l'un des plus beaux programmes de mosaïques médiévales de Rome. La composition de l'abside représente le Triomphe de la Croix comme un Arbre de Vie, ses volutes d'acanthe peuplées de saints, de docteurs de l'Église et de Romains ordinaires puisant de l'eau. Les panneaux de sol cosmatesques de l'atelier des Cosmati témoignent d'une précision géométrique dans le marbre récupéré. La chapelle de Sainte-Catherine abrite les fresques de Masolino da Panicale sur son martyre, achevées en 1431 et parmi les premières œuvres de la Renaissance à Rome. En descendant vers la basilique du IVe siècle, les visiteurs parcourent la nef où les premiers chrétiens se rassemblaient lors des dernières persécutions. Des fresques fragmentaires représentent la Légende de Sisinnius, un récit du XIe siècle peint en latin vernaculaire plutôt qu'en formes classiques — l'un des plus anciens exemples d'italien écrit. La basilique honore Clément Ier, quatrième pape et auteur du plus ancien texte chrétien en dehors du canon du Nouveau Testament. Ses reliques supposées reposent dans l'église supérieure, apportées de Crimée par les saints Cyrille et Méthode en 867. Le niveau le plus bas accessible révèle une insula du Ier siècle et un mithraeum creusé dans son rez-de-chaussée vers 200 après J.-C. Le triclinium conserve ses bancs en pierre où les initiés s'allongeaient lors des banquets rituels. Un relief de Mithra tuant le taureau cosmique occupe la niche de l'autel, flanqué des porte-flambeaux Cautès et Cautopatès. L'appartenance exclusivement masculine au culte et ses rites secrets en faisaient un rival du christianisme primitif parmi les soldats et marchands romains. L'eau coule encore à travers la chambre mithraïque, canalisée depuis la même source qui alimentait l'ancien quartier — un rappel fonctionnel que ce site n'a jamais cessé d'être un seuil entre la surface et les profondeurs.