Tre spazi di culto occupano la stessa impronta romana su Via Labicana, sovrapposti attraverso dodici secoli di uso sacro continuo. L'attuale basilica risale al 1108, costruita direttamente sopra una basilica del IV secolo, che a sua volta poggia su una casa romana del I secolo e un tempio mitriaco. Gli scavi iniziati nel 1857 da Padre Joseph Mullooly hanno rivelato l'intera sequenza stratigrafica intatta — una rarità archeologica in una città dove i costruttori medievali solitamente cannibalizzavano le strutture precedenti per recuperare materiali. La chiesa superiore del XII secolo conserva uno dei più bei cicli di mosaici medievali di Roma. La composizione dell'abside raffigura il Trionfo della Croce come Albero della Vita, i cui girali d'acanto sono popolati da santi, dottori della chiesa e romani comuni che attingono acqua. I pannelli pavimentali cosmateschi della bottega dei Cosmati mostrano precisione geometrica nel marmo di recupero. La cappella di Santa Caterina ospita gli affreschi di Masolino da Panicale sul suo martirio, completati nel 1431 e tra le prime opere rinascimentali a Roma. Scendendo nella basilica del IV secolo, i visitatori camminano lungo la navata dove i primi cristiani si riunivano durante le ultime persecuzioni. Affreschi frammentari raffigurano la Leggenda di Sisinnio, una narrazione dell'XI secolo dipinta in latino volgare anziché in forme classiche — uno dei più antichi esempi di italiano scritto. La basilica onora Clemente I, quarto papa e autore del più antico testo cristiano al di fuori del canone del Nuovo Testamento. Le sue presunte reliquie riposano nella chiesa superiore, portate dalla Crimea dai Santi Cirillo e Metodio nell'867. Il livello più basso accessibile rivela un'insula del I secolo e un Mitreo ricavato dal suo piano terra intorno al 200 d.C. Il triclinio conserva i sedili in pietra dove gli iniziati si sdraiavano durante i banchetti rituali. Un rilievo di Mitra che uccide il toro cosmico occupa la nicchia dell'altare, affiancato dai portatori di torce Cautes e Cautopates. L'appartenenza al culto, esclusivamente maschile, e i riti segreti lo resero un rivale del primo cristianesimo tra i soldati e i mercanti romani. L'acqua scorre ancora attraverso la camera mitriaca, incanalata dalla stessa sorgente che riforniva l'antico quartiere — un promemoria funzionale del fatto che questo sito non ha mai smesso di essere una soglia tra la superficie e le profondità.